معارف قرآن مجموعه کتاب‌هایی است که در آن، حضرت استاد به دسته‌بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته‌اند که این مجموعه از جمله آثار ابتکاری و بدیع ایشان محسوب می‌شود.حضرت استاد در آغاز ضمن تأکید بر لزوم گنجاندن درس تفسیر در مجموعه دروس اصلى حوزه علمیه، از مرحوم علامه طباطبایى، در مقام پیشگام و پرچمدار تدریس و نگارش تفسیر در حوزه تقدیر می‌کنند و ارائه یك دوره كامل تفسیر را به منزله متن درسى، نامیسر می‌شمارند و همچنین انتخاب بخش هایى از تفسیر قرآن را نیز ناكافى و غیرمفید مى دانند، و دسته بندى موضوعى آیات را تنها راه ممكن و مفید مى بینند. البته این دسته بندى می‌‌باید با نظم منطقى و بیانى موجز و متناسب با كتاب درسى عرضه گردد.
