جنگ آمریکا در افغانستان از ۲۰۰۱ تا ۲۰۱۴، دوره‌ای از جنگ است که به بهانه آمریکا مبنی بر حمله القاعده به نیویورک و واشنگتن در ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ آغاز شد.
این جنگ ده‌ها هزار تلفات مستقیم غیرنظامی برجا گذاشت. بیش از ۴۰۰۰ سرباز آیساف و پیمانکاران غیرنظامی، ۱۵۰۰۰ نیروهای امنیت ملی افغانستان و همچنین بیش از ۲۰هزار غیرنظامی کشته‌شدند. در حال حاضر آمار دقیقی از تعداد کل کشته شدگان این جنگ در دست نیست، اما طبق مطالعات پروفسور “مارک هرولد” که در روزنامه گاردین منتشر شد، فقط در سه ماه اول جنگ بیش از ۴۰۰۰ تن کشته شده‌اند. تنها در سال ۲۰۰۹ بمب‌های دست ساز و مین‌های کنارجاده‌ای ۱۰۵۴ نفر قربانی گرفته‌اند. در عین حال، ده‌ها هزار غیرنظامی از زمان آغاز حملات هوایی آمریکا در سال ۲۰۰۱ تا زمان حاضر در افغانستان جان باخته‌اند.
ارتش آمریکا ۷ اکتبر ۲۰۰۱ برای نخستین بار اهدافی را در ولایت‌های کابل، قندهار، ننگرهار، قندوز، جوزجان، لوگر، تخار، نیمروز، فراه و غزنی با جنگنده‌های B-52 و موشک‌های کروز مورد حمله قرار دادند. در سه هفته اول این حملات بیش از هزار نفر در این مناطق کشته شدند.
در ۱۷ اکتبر ۲۰۰۱ حداقل ۲۹ غیرنظامی در روستایی در نزدیکی قندهار در حمله يك جنگنده آمریکا کشته شدند. به گزارش روزنامه «گاردین»، کاروانى متشكل از ۱۲ خودروی حامل نمایندگان قبایل ولایت شرقی که به دعوت حکومت موقت کابل به منظور شرکت در مراسمی در حال حرکت به سوی پایتخت بودند توسط هواپیمای AC-130 ارتش آمریکا هدف قرار گرفته و ۶۵ نفر کشته شدند. همچنین سازمان ملل متحد در ۲۱ دسامبر همان سال اعلام کرد که در ۲۹ دسامبر ۲۰۰۱ جنگنده‌های ارتش آمریکا یک روستا در نزدیکی شهر گردیز مرکز ولایت پکتیا را بمباران کرده‌اند. در اين حمله حداقل ۵۲ غیرنظامی افغان از جمله تعدادى زيادى زن و کودک کشته شدند. سخنگوی پنتاگون در آن زمان مدعی شد که انبار مهمات طالبان در روستای مذکور منهدم شده است. شمار تلفات غیرنظامیان افغان در سال ۲۰۰۱-۲۰۰۲ از مرز تعداد قربانيان ۱۱سپتامبر گذشت.
پروفسور مارک هیرالد تاکید می‌کند که ۳۸۰۰ افغان از ۷ اکتبر الی ۷ دسامبر ۲۰۰۱ توسط امریکا به قتل رسیده‌اند. خبرگزاری آسوشیتیدپرس طى گزارشی در ۳ دسامبر ۲۰۰۱، تحت عنوان «بمب ايالات متحده روستای زراعى را با خاك يكسان کرد» از کشته شدن ۱۵۵ تا ۳۰۰ تن از ساکنان روستای کامه ادو در ننگرهار خبر داد. روزنامه دیلی‌گراف نیز به تاریخ ۲۰ دسامبر ۲۰۰۱ در گزارشی تحت عنوان «غیرنظامیان بهای بمب‌های منحرف شده آمریکا را می‌پردازند» اعلام كرده كه ده‌ها تن كشته شده‌اند. خبرگزاری پژواک و رسانه‌های بین‌المللی دیگر نیز در ۲۵ اکتبر ۲۰۰۶ از کشته شدن حدود ۹۰ غیرنظامی در روستای پنجوایی قندهار خبر دادند. نیروهای آمریکایی با بمباران این روستا فاجعه بزرگی آفریدند، اما هرگز از این قتل‌عام‌ها عذرخواهی نکردند.
براساس گزارش دولت افغانستان در ماه مه ۲۰۰۷ طی دو روز بمباران جنگنده‌های آمریکایی به روستایی در نزدیکی هرات، دستکم ۴۲ نفر، از جمله تعدادى زن و کودك قتل‌عام شدند. در این بمباران ۱۰۰ خانه ویران و حدود ۱۶۰۰ نفر بی‌خانمان شدند. در پی حمله هوایی روز ۲۲ اوت ۲۰۰۸ به روستای عزیزآباد در ولایت هرات، نیز ۹۰ غیرنظامی کشته شدند. مقامات امنیتی افغانستان ۴ مه ۲۰۰۹ اعلام کردند که حملات هوایی ناتو به رهبری آمریکا در منطقه گرانای ولایت فراه باعث کشته شدن ۱۴۵غیرنظامی از جمله ۹۲ کودک و ۲۲ زن شد. حملات هوایی آمریکا در ۲۳ ژوئیه ۲۰۱۰ به منطقه سنگین ولایت ننگرهار باعث کشته شدن بیش از ۵۲ زن و کودک بی‌گناه شد. بیش از ۴۰۰ نفر در خیابان‌های کابل به تظاهرات پرداخته و این حمله را محکوم کردند. هیئتی از کابل برای تحقیق به منطقه اعزام شدند. براساس بررسی‌های هیئت، تمامی کشته شدگان زنان و کودکان بودند. نیروی هوایی ایالات متحده آمریکا در ۳ اکتبر ۲۰۱۵، با جنگنده لاکهید AC-130U بیمارستان قندوز در شمال افغانستان را هدف حمله قرار داد. در این حمله دستکم ۴۲ غیرنظامی کشته و ۳۰ نفر مجروح شدند. سازمان پزشکان بدون مرز پس از این فاجعه اعلام کرد که پیش‌تر کلیه هشدارها راجع به موقعیت مکانی بیمارستان به نیروهای ائتلاف به رهبری آمریکا داده شده بود و این حمله عمدی صورت گرفته است. این سازمان در ادامه حمله به بیمارستان را نقض حقوق بین‌الملل عنوان کرد و تمامی کارمندان خود را از این شهر خارج کرد.